परिवहन मंत्री असल्यामुळे आपल्यालाच राज्य परिवहन महामंडळाचे अध्यक्ष करावे, याबाबत प्रताप सरनाईक यांनी पाठविलेला प्रस्ताव नाकारून मुख्यमंत्री देवेंद्र फडवणीस यांनी या महामंडळाच्या अध्यक्षपदी परिवहन विभागाचे अप्पर मुख्य सचिव संजय सेठी यांची नियुक्ती केली आहे. यामुळे एकप्रकारे सरनाईक यांच्या मोहाला वेसण घालण्यात आल्याचे बोलले जात आहे.
राज्य परिवहन महामंडळाच्या (एसटी) अध्यक्षपदी नियमानुसार सनदी अधिकाऱ्यांची नियुक्ती केली जात होती. आतापर्यंतच्या इतिहासात एन. सुंदरामन हे पूर्णवेळ अध्यक्ष ठरले आहेत. मात्र, या पदावर राजकीय सोय म्हणून आतापर्यंत पी. के. अण्णा पाटील, गोविंदराव आदिक, शिवाजीराव गोताड, सुधाकर परिचारक आणि जीवनराव गोरे यांची नियुक्ती करण्यात आली होती.
राज्यात महायुतीचे सरकार आल्यानंतर तेव्हाचे मुख्यमंत्री एकनाथ शिंदे यांनी एसटी महामंडळाचे अध्यक्षपद स्वतःकडे ठेवले होते. तथापि, तेव्हा मंत्रिपद न मिळाल्याने नाराज असलेले आमदार भरत गोगावले यांची एसटीच्या अध्यक्षपदी नियुक्ती करण्यात आली होती. या पार्श्वभूमीवर, एसटी महामंडळाचे अध्यक्षपदही आपल्यालाच मिळावे यासाठी सरनाईक यांनी संजय शेटे यांच्यामार्फत मुख्यमंत्री फडणवीस यांच्याकडे प्रस्ताव सादर केला होता. तो प्रस्ताव नाकारून फडणवीस यांनी सेठी यांचे नियुक्ती करत सरनाईक यांना धक्का दिला आहे. फडणवीस यांच्या या निर्णयामुळे एसटीला तब्बल दहा वर्षांनी बिगरराजकीय स्वतंत्र अध्यक्ष मिळाला आहे.